Le travail éditorial des Archives Poincaré s'oriente dans deux directions principales :
- la direction de la collection Publications des Archives Henri-Poincaré / Publications of the Henri-Poincaré Archives, chez Birkhäuser (dir. G. Heinzmann)
- la publication du périodique Philosophia Scientiæ (dir. M. Rebuschi)
D'autre part, plusieurs collections sont dirigées ou co-dirigées par des chercheurs du laboratoire
- Aesthetica (Presses Universitaires de Rennes, dir. R. Pouivet)
- Chemins philosophiques (Vrin, dir. R. Pouivet)
- Histoire des institutions scientifiques (Presses Universitaires de Nancy - Editions Universitaires de Lorraine, dir. L. Rollet et M-J. Mailfert, collection close)
- Histoires de géométrie (Presses Universitaires de Nancy - Editions Universitaires de Lorraine, dir. P. Nabonnand et D. Flament, collection close)
- Philosophie allemande : une autre histoire (Presses Universitaires de Nancy - Editions Universitaires de Lorraine, dir. Ch. Bouriau et Ch. Braverman)
- Histoire et philosophie des savoirs (Presses Universitaires de Strasbourg, dir. S. Dupouy, P.-Y. Lavour, V. Guillin)
- Parcours de chercheurs (Presses Universitaires de Strasbourg, dir. C. Allamel-Raffin, P.-E. Bour, A. Jeannin-Girardon)